Việc bị cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra luôn là nỗi ám ảnh của mọi doanh nghiệp, dù quy mô lớn hay nhỏ. Một cuộc thanh tra không chỉ làm gián đoạn hoạt động kinh doanh, tốn kém thời gian, nhân sự mà còn có nguy cơ dẫn đến truy thu thuế, phạt hành chính, thậm chí phạt hình sự nếu phát hiện sai phạm nghiêm trọng. Tuy nhiên, không phải doanh nghiệp nào cũng bị kiểm tra ngẫu nhiên. Cơ quan thuế hiện nay đã áp dụng hệ thống phân tích rủi ro tự động (Risk-Based Audit) dựa trên dữ liệu lớn (big data) để sàng lọc các trường hợp có dấu hiệu bất thường.
Vậy, đâu là những “điểm đỏ” khiến doanh nghiệp dễ lọt vào danh sách kiểm tra? Và làm thế nào để xây dựng một hệ thống kế toán – thuế minh bạch, giảm thiểu rủi ro đến mức thấp nhất? Bài viết dưới đây của Kế toán Minh Châu sẽ phân tích chi tiết 9 dấu hiệu phổ biến và giải pháp thực tiễn giúp doanh nghiệp “tránh xa” sự chú ý không mong muốn từ cơ quan thuế.
1. Doanh thu – lợi nhuận biến động bất thường
Đây là tín hiệu cảnh báo số 1 mà hệ thống thuế tự động phát hiện đầu tiên. Cơ quan thuế sẽ so sánh dữ liệu qua các kỳ (tháng, quý, năm) và với cùng ngành nghề.
Các biểu hiện cụ thể:
- Doanh thu tăng 200–300% nhưng lợi nhuận giảm 50–70%.
- Doanh thu giảm đột ngột 60–80% so với cùng kỳ năm trước mà không có lý do rõ ràng (mất hợp đồng lớn, thiên tai, dịch bệnh…).
- Lợi nhuận gộp liên tục dưới 1–2% doanh thu trong 2–3 năm, trong khi trung bình ngành là 10–15%.
Tại sao bị nghi ngờ?
Những biến động này thường là dấu hiệu của:
- Điều chỉnh sổ sách: ghi nhận chi phí khống, đẩy chi phí sang kỳ sau.
- Né thuế TNDN: giảm lợi nhuận chịu thuế bằng cách tăng chi phí không hợp lệ.
- Chuyển giá nội bộ: giữa công ty mẹ – con hoặc các công ty liên kết.
Giải pháp phòng tránh:
- Chuẩn bị báo cáo giải trình chi tiết cho mọi biến động lớn (hợp đồng bị hủy, chi phí đầu tư nhà xưởng, biến động giá nguyên liệu…).
- Lưu trữ đầy đủ chứng từ gốc: hợp đồng, biên bản nghiệm thu, hóa đơn, phiếu chi…
- Dự báo và lập kế hoạch thuế từ đầu năm để tránh phải “chỉnh sửa” số liệu vào phút chót.
2. Hóa đơn đầu vào – đầu ra mất cân đối
Hệ thống hóa đơn điện tử cho phép cơ quan thuế đối chiếu chéo giữa đầu vào và đầu ra của hàng nghìn doanh nghiệp chỉ trong vài giây.
Dấu hiệu bất thường:
- Mua vào 10 tỷ nhưng chỉ bán ra 2 tỷ.
- Tỷ lệ khấu trừ thuế GTGT đầu vào > 80–90% doanh thu, trong khi ngành chỉ khoảng 30–50%.
- Hóa đơn đầu vào tập trung từ các nhà cung cấp “rủi ro cao”: công ty mới thành lập, không có hoạt động thực tế, địa chỉ ảo, mã số thuế bị ngừng hoạt động…
Nguy cơ:
- Bị nghi ngờ mua bán hóa đơn, khai khống chi phí, khấu trừ thuế GTGT không đúng quy định.
Giải pháp:
- Kiểm tra nhà cung cấp trước khi giao dịch: tra cứu trên hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế.
- Định kỳ đối chiếu: sổ chi tiết mua vào – bán ra với tờ khai GTGT.
- Lưu trữ chứng từ đầy đủ: hợp đồng, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn ≥ 5 triệu đồng (áp dụng từ 01/07/2025 theo Luật Thuế GTGT sửa đổi).
3. Thường xuyên hoàn thuế GTGT hoặc khấu trừ lớn
Doanh nghiệp xuất khẩu, đầu tư dự án lớn, xây dựng cơ bản thường được hoàn thuế GTGT. Tuy nhiên, hoàn thuế là “mỏ vàng” của gian lận thuế.
Dấu hiệu bị chú ý:
- Hoàn thuế hàng quý, số tiền từ vài trăm triệu đến vài tỷ.
- Tần suất hoàn thuế dày đặc (3–4 lần/năm).
- Hoàn thuế nhưng không có hoạt động xuất khẩu thực tế hoặc hàng hóa “chạy vòng”.
Giải pháp:
- Chỉ hoàn thuế khi thực sự cần thiết (để tránh bị gắn cờ rủi ro).
- Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế chặt chẽ:
- Hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, vận đơn, chứng từ thanh toán quốc tế.
- Bảng kê chi tiết từng hóa đơn đầu vào.
- Sử dụng dịch vụ hoàn thuế chuyên nghiệp nếu doanh nghiệp không đủ nhân sự.
4. Không nhất quán giữa kê khai thuế và sổ kế toán
Đây là lỗi kế toán phổ biến nhất ở các doanh nghiệp nhỏ, startup, hoặc doanh nghiệp không có phòng kế toán chuyên nghiệp.
Biểu hiện:
- Doanh thu trên tờ khai thuế không khớp với báo cáo tài chính.
- Lợi nhuận kế toán không khớp với lợi nhuận tính thuế (do điều chỉnh tạm tính, khấu hao sai…).
- Công nợ phải thu/phải trả, tồn kho không khớp với tờ khai GTGT.
Hậu quả:
Cơ quan thuế sẽ tự động từ chối khấu trừ, phạt chậm nộp, và mời lên làm việc.
Giải pháp:
- Đồng bộ dữ liệu kế toán – thuế theo từng tháng/quý/năm.
- Sử dụng phần mềm kế toán có tích hợp báo cáo thuế điện tử (MISA, Fast, Bravo, iHTKK…).
- Kiểm tra chéo định kỳ giữa:
- Sổ cái → Sổ chi tiết → Tờ khai thuế → Báo cáo tài chính.
5. Dấu hiệu rủi ro về nhân sự và lao động
Cơ quan thuế phối hợp chặt chẽ với Bảo hiểm Xã hội và Sở Lao động để kiểm tra chéo dữ liệu.
Dấu hiệu bất thường:
- Doanh thu hàng chục tỷ nhưng chỉ đăng ký 2–3 lao động.
- Không đóng BHXH hoặc đóng với mức lương thấp bất thường (dưới lương tối thiểu vùng).
- Dùng hợp đồng cộng tác viên, dịch vụ để né thuế TNCN, BHXH.
Giải pháp:
- Xây dựng hồ sơ nhân sự minh bạch: hợp đồng lao động, bảng lương, phiếu chi, chuyển khoản.
- Đóng BHXH đầy đủ, đúng hạn cho toàn bộ nhân viên.
- Không lách luật bằng hợp đồng cộng tác viên nếu thực chất là quan hệ lao động.
6. Nộp báo cáo muộn hoặc nộp “trắng”
Hệ thống thuế tự động gắn cờ rủi ro ngay khi phát hiện:
Dấu hiệu:
- Nộp tờ khai thuế muộn liên tục 2–3 kỳ.
- Nộp báo cáo tài chính “trắng” (doanh thu = 0, chi phí = 0).
- Không phát sinh doanh thu nhiều kỳ nhưng vẫn duy trì mã số thuế, con dấu, tài khoản ngân hàng.
Nghi ngờ:
Doanh nghiệp hoạt động không thực chất, hoặc chuẩn bị bỏ trốn.
Giải pháp:
- Tuân thủ nghiêm ngặt lịch nộp báo cáo:
- Tờ khai GTGT: hàng tháng/quý.
- Thuế TNCN: hàng tháng/quý.
- Thuế TNDN: tạm tính quý, quyết toán năm.
- Báo cáo tài chính: trước 31/3 năm sau.
- Nếu chưa phát sinh, vẫn phải nộp tờ khai “0” hợp lệ.
7. Giao dịch liên kết và chuyển giá
Doanh nghiệp có giao dịch với công ty mẹ – con, công ty cùng chủ sở hữu, đối tác thân thiết sẽ bị soi kỹ theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.
Dấu hiệu rủi ro:
- Giá bán nội bộ thấp bất thường so với giá thị trường.
- Lãi gộp giữa các công ty liên kết chênh lệch quá lớn (một bên lãi cao, bên kia lỗ liên tục).
- Không lập hồ sơ giá chuyển nhượng hoặc lập không đầy đủ.
Giải pháp:
- Lập hồ sơ giá giao dịch liên kết (Local File, Master File, CbCR) đầy đủ.
- Thực hiện phân tích so sánh độc lập (benchmarking) với các doanh nghiệp tương đồng.
- Lưu trữ tài liệu chứng minh giá nội bộ hợp lý (hợp đồng, báo giá, biên bản đàm phán…).
8. Doanh nghiệp mới thành lập nhưng doanh thu/chi phí “mập mờ”
Cơ quan thuế đặc biệt cảnh giác với các doanh nghiệp mới, nhất là trong 12–24 tháng đầu.
Dấu hiệu:
- Hoạt động 3–6 tháng đã có doanh thu hàng chục tỷ.
- Không có văn phòng thực tế, không nhân viên, không tài sản cố định.
- Giao dịch chủ yếu qua tài khoản cá nhân.
Nghi ngờ:
Doanh nghiệp “bình phong”, dùng để mua bán hóa đơn, rửa chi phí, hợp thức hóa dòng tiền.
Giải pháp:
- Tách biệt hoàn toàn tài khoản công ty – cá nhân ngay từ đầu.
- Thuê văn phòng thực tế, đăng ký lao động, mua sắm tài sản cố định.
- Xây dựng quy trình nội bộ rõ ràng: từ mua hàng → sản xuất → bán hàng → thanh toán.
Trong thời đại thuế điện tử 4.0, mọi giao dịch đều được ghi nhận, đối chiếu tự động. Mọi sai lệch nhỏ đều có thể bị phát hiện. Vì vậy, thay vì tìm cách “né” thuế, doanh nghiệp cần chuyển sang quản trị thuế chủ động: Hạch toán chính xác, đầy đủ chứng từ, đảm bảo tính hợp lệ của hóa đơn và thanh toán không dùng tiền mặt, kê khai đúng – đủ – đúng hạn.