Khi doanh nghiệp bắt đầu mở rộng sang nhiều tỉnh, thành phố, việc thành lập thêm chi nhánh hoặc địa điểm kinh doanh là bước phát triển khá phổ biến. Tuy nhiên, mô hình càng nhiều đơn vị phụ thuộc thì việc quản lý hóa đơn, doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế càng dễ phát sinh sai sót nếu công ty mẹ không phân định rõ trách nhiệm của từng đơn vị.
Đặc biệt, nhiều doanh nghiệp vẫn có suy nghĩ đơn giản rằng chi nhánh phụ thuộc thì mọi khoản thuế đều được kê khai chung tại công ty mẹ. Cách hiểu này không phải lúc nào cũng đúng.
Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực; đồng thời quy định về đăng ký thuế được cập nhật theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Trong khi đó, các quy định về khai, phân bổ nghĩa vụ thuế đối với đơn vị phụ thuộc tiếp tục được hướng dẫn, sửa đổi qua hệ thống văn bản hiện hành, trong đó có Thông tư 80/2021/TT-BTC và Thông tư 21/2026/TT-BTC.
Tình huống thực tế: Công ty mẹ có doanh thu nhưng kế toán lại “quên” chi nhánh
Ví dụ, Công ty A có trụ sở chính tại TP.HCM và thành lập một chi nhánh tại một tỉnh khác.
Chi nhánh trực tiếp bán hàng, có nhân viên, phát sinh doanh thu và sử dụng hóa đơn. Tuy nhiên, toàn bộ công việc kế toán vẫn do phòng kế toán tại trụ sở chính thực hiện.
Cuối quý, kế toán công ty mẹ chỉ tập trung vào số liệu tại trụ sở chính và cho rằng:
“Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc, không có tư cách pháp nhân riêng nên cứ cộng doanh thu của chi nhánh vào báo cáo chung là được.”
Đến khi kiểm tra lại, doanh nghiệp mới phát hiện chi nhánh có những khoản doanh thu, hóa đơn và nghĩa vụ thuế cần được xử lý theo địa bàn. Một số trường hợp còn liên quan đến việc phân bổ thuế cho tỉnh nơi chi nhánh hoạt động.
Đây là vấn đề khá phổ biến ở các doanh nghiệp đang mở rộng hệ thống nhưng chưa kịp xây dựng quy trình quản lý thuế thống nhất.
1. Chi nhánh phụ thuộc có phải là một doanh nghiệp riêng không?
Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, thực hiện một phần hoặc toàn bộ chức năng của doanh nghiệp theo quy định. Theo Nghị định 168/2025/NĐ-CP, chi nhánh được cấp mã số đơn vị phụ thuộc và mã số này đồng thời là mã số thuế của chi nhánh. Trong khi đó, mã số của địa điểm kinh doanh không phải là mã số thuế.
Điều này dẫn đến một điểm rất dễ gây nhầm:
Chi nhánh phụ thuộc không đồng nghĩa với việc mọi nghĩa vụ thuế đều tự động kê khai tại trụ sở chính.
Việc kê khai ở đâu còn phụ thuộc vào cách tổ chức hạch toán, địa điểm hoạt động, loại thuế phát sinh và việc chi nhánh có trực tiếp bán hàng, sử dụng hóa đơn và theo dõi riêng thuế GTGT hay không.
2. Chi nhánh khác tỉnh có phải kê khai thuế riêng?
Đây là câu hỏi doanh nghiệp gặp rất thường xuyên. Về nguyên tắc, trường hợp doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh tại nhiều tỉnh khác nơi đặt trụ sở chính và hạch toán tập trung tại trụ sở chính, doanh nghiệp có thể thực hiện khai thuế tại cơ quan thuế quản lý trụ sở chính, đồng thời thực hiện phân bổ số thuế phải nộp cho các địa phương theo quy định.
Tuy nhiên, không nên áp dụng máy móc nguyên tắc này cho mọi chi nhánh.
Chẳng hạn, đối với chi nhánh trực tiếp bán hàng, sử dụng hóa đơn do chi nhánh đăng ký hoặc do doanh nghiệp đăng ký với cơ quan thuế quản lý chi nhánh và theo dõi, hạch toán đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra, chi nhánh có thể thuộc trường hợp trực tiếp khai và nộp thuế GTGT tại cơ quan thuế quản lý chi nhánh theo quy định hiện hành.
Vì vậy, trước khi quyết định “kê khai chung” hay “kê khai riêng”, doanh nghiệp cần kiểm tra lại mô hình vận hành thực tế của từng chi nhánh.
3. Địa điểm kinh doanh có giống chi nhánh không?
Không nên đánh đồng hai loại hình này. Chi nhánh là đơn vị phụ thuộc và có mã số đơn vị phụ thuộc đồng thời là mã số thuế của chi nhánh.
Trong khi đó, địa điểm kinh doanh có mã số địa điểm kinh doanh gồm 5 chữ số nhưng mã số này không phải mã số thuế.
Sự khác biệt này rất quan trọng khi doanh nghiệp xây dựng hệ thống kế toán và quản lý thuế.
Nếu không lập bảng theo dõi riêng từng đơn vị, kế toán rất dễ nhầm doanh thu của địa điểm kinh doanh với doanh thu của chi nhánh hoặc bỏ sót nghĩa vụ thuế phát sinh tại địa phương.
4. Doanh nghiệp cần chú ý gì về thuế GTGT?
Thuế GTGT là một trong những khoản dễ phát sinh nhầm lẫn nhất khi doanh nghiệp có nhiều đơn vị.
Trường hợp doanh nghiệp hạch toán tập trung tại trụ sở chính, pháp luật thuế có cơ chế khai thuế tại trụ sở chính và phân bổ nghĩa vụ thuế cho các tỉnh nơi doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh trong những trường hợp thuộc diện phân bổ. Các trường hợp, phương pháp phân bổ và hồ sơ thực hiện được quy định tại các Điều 12 đến 19 của Thông tư 80/2021/TT-BTC, đã được sửa đổi, bổ sung.
Đặc biệt, đối với đơn vị phụ thuộc trực tiếp bán hàng và có hệ thống hóa đơn, sổ sách theo dõi riêng, cách kê khai có thể khác với trường hợp toàn bộ hoạt động được hạch toán tập trung tại công ty mẹ.
Do đó, kế toán cần xác định ngay từ đầu:
Ai xuất hóa đơn?
Hóa đơn đăng ký ở đâu?
Doanh thu được theo dõi ở đâu?
Thuế GTGT đầu vào, đầu ra có được theo dõi riêng không?
Chi nhánh có trực tiếp kê khai thuế hay công ty mẹ thực hiện?
Chỉ cần một trong các thông tin này thay đổi, cách xử lý thuế cũng có thể thay đổi theo.
5. Hóa đơn của chi nhánh: Công ty mẹ cần quản lý thế nào?
Hóa đơn là điểm doanh nghiệp rất dễ bỏ sót khi mở rộng mạng lưới.
Nếu chi nhánh trực tiếp bán hàng và sử dụng hóa đơn riêng, kế toán công ty mẹ phải kiểm soát được toàn bộ hóa đơn phát sinh tại chi nhánh, bao gồm:
- Doanh thu bán hàng, cung cấp dịch vụ;
- Thuế GTGT đầu ra;
- Hóa đơn đầu vào;
- Hóa đơn điều chỉnh, thay thế;
- Các trường hợp hóa đơn sai sót;
- Đối chiếu doanh thu trên hóa đơn với doanh thu ghi nhận trên hệ thống kế toán.
Ngược lại, nếu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn tập trung tại trụ sở chính thì quy trình kiểm soát cũng cần được thiết kế khác.
Một vấn đề quan trọng là không nên chỉ nhìn vào nơi phát hành hóa đơn để quyết định toàn bộ nghĩa vụ thuế. Cần xem đồng thời mô hình hạch toán và quy định phân bổ áp dụng cho từng loại thuế.
6. Thuế TNDN và TNCN cũng cần được xem xét
Đối với thuế TNDN, doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác có thể phát sinh nghĩa vụ phân bổ trong những trường hợp pháp luật quy định, chẳng hạn đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất.
Với thuế TNCN, nếu công ty trả lương cho người lao động làm việc tại đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh ở tỉnh khác, doanh nghiệp cũng cần xem xét quy định về phân bổ thuế TNCN theo địa bàn.
Điều này đặc biệt đáng chú ý khi doanh nghiệp có hàng chục nhân viên làm việc tại nhiều chi nhánh nhưng tiền lương lại được thanh toán tập trung từ phòng nhân sự ở trụ sở chính.
7. Khi nào doanh nghiệp phải cập nhật thông tin đăng ký?
Đây là phần không nên bỏ qua khi doanh nghiệp thay đổi cơ cấu.
Theo Nghị định 168/2025/NĐ-CP, khi thay đổi nội dung đăng ký hoạt động của chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc địa điểm kinh doanh, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục đăng ký thay đổi trong 10 ngày kể từ ngày có thay đổi. Trường hợp thay đổi địa chỉ chi nhánh, văn phòng đại diện dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý thì phải xử lý thủ tục với cơ quan thuế liên quan trước khi đăng ký thay đổi địa chỉ.
Từ 01/07/2026, việc đăng ký và thay đổi thông tin thuế còn được điều chỉnh bởi Thông tư 90/2026/TT-BTC. Thông tư này thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC và bổ sung, điều chỉnh nhiều quy định về đăng ký, thay đổi thông tin đăng ký thuế.
Vì vậy, khi doanh nghiệp:
- Mở thêm chi nhánh;
- Chuyển địa chỉ chi nhánh;
- Đóng hoặc tạm ngừng chi nhánh;
- Thay đổi hình thức hoạt động;
- Chuyển từ chi nhánh sang địa điểm kinh doanh;
- Thay đổi thông tin đăng ký;
thì nên kiểm tra đồng thời hồ sơ đăng ký kinh doanh và hồ sơ thuế, thay vì chỉ cập nhật một bên.
8. Doanh nghiệp nhiều chi nhánh nên quản lý thuế theo cách nào?
Một hệ thống đơn giản có thể chia thành 4 lớp quản lý:
Lớp 1 – Hồ sơ pháp lý:
Theo dõi riêng trụ sở chính, từng chi nhánh và từng địa điểm kinh doanh.
Lớp 2 – Hóa đơn:
Xác định đơn vị nào xuất hóa đơn, sử dụng hình thức hóa đơn nào và ai chịu trách nhiệm kiểm soát.
Lớp 3 – Thuế:
Lập bảng xác định từng loại thuế: kê khai tại trụ sở chính, kê khai tại chi nhánh hay phân bổ cho địa phương.
Lớp 4 – Đối chiếu:
Định kỳ đối chiếu doanh thu – hóa đơn – sổ kế toán – tờ khai thuế – số thuế đã nộp của từng đơn vị.
Đặc biệt, khi doanh nghiệp thay đổi cơ cấu quản lý, không nên chỉ bàn giao “danh sách chi nhánh” cho kế toán mới. Cần bàn giao cả tình trạng đăng ký thuế, phương thức kê khai, hóa đơn đang sử dụng và nghĩa vụ thuế còn phải thực hiện.
Doanh nghiệp càng có nhiều chi nhánh thì vấn đề không còn đơn giản là “chi nhánh phụ thuộc hay độc lập”. Điều quan trọng là phải xác định chi nhánh đang hoạt động như thế nào, hạch toán ra sao, sử dụng hóa đơn ở đâu và nghĩa vụ thuế được thực hiện tại cơ quan thuế nào.
Một sai sót nhỏ trong khâu này có thể khiến doanh nghiệp kê khai thiếu, phân bổ sai hoặc phải điều chỉnh hồ sơ của nhiều kỳ.
Với doanh nghiệp đang mở rộng thêm chi nhánh, địa điểm kinh doanh hoặc thay đổi mô hình quản lý, việc rà soát lại đăng ký doanh nghiệp – đăng ký thuế – hóa đơn – kê khai – phân bổ thuế ngay khi thay đổi cơ cấu sẽ giúp hạn chế rủi ro và tránh để đến kỳ quyết toán mới phát hiện sai lệch.